袁第二天知道曹汝霖又作了许多屈辱的让步，大为光火，痛骂他不该未经请示而擅作主张，同时把已准备颁给他勛三位的一道命令临时撤销。
5月9日下午1时，中国的复文由外交总长陆徵祥，次长曹汝霖亲自送到日本驻华公使馆，复文全文如下：
“日本公使于五月七日下午三时亲以日政府哀的美敦书送交中国政府，并附以说明书七条。该哀的美敦书之结语云：
日本政府盼望中国政府于五月九日下午六时交出满意之答覆，倘届时不能得满意之答覆，则日本政府将施用日本政府以为必要之方法。今中国政府为维持远东和平起见，除第五条中之福建问题议定互换公文外，系照四月廿六日日本提出之修正案，及附属哀的美敦书之说明七条，承认第二号、第三号、第四号中之各款，惟第五号中之五条，俟将来另议。中国政府今日即行承认者，无非盼望中日间之悬案从此解决，而两国国交可以巩固，中国政府请日本公使从速定期到外交部会拟条文，正式署约。”
日置益得到中国正式复文后，便电奏日本天皇，报告兵不血刃而在外交上获到辉煌的胜利，敬向天皇祝贺。
5月10日，日置益公使前来中国外交部，代表日本政府申明答谢。11日，日使馆照会中国外交部，送来公文四件，（一）日本政府所交之条款；（二）会议后中国回答原案；（三）第二次之修正案；（四）中国第二次回答原案。同时约定14日在迎宾馆正式会晤。
5月25日，袁政府与日本正式签订了这个亡国条约后，袁通电各省文武长官说：“日本既有让步，无损中国主权，故决定由外交部即日答覆。此案已结，中外敦睦，希饬属晓谕通知。”同时袁却亲写了两道密谕，告诫各省文武长官，不要忘记5月9日这个奇耻大辱的日子。袁又授意丁佛言撰写《中日交涉失败史》一书，印了5万册，秘密寄存山东模范监狱中，他咬着牙说：“这一次我们吃了一个大亏，将来有一天我们翻了身，这部书就可以公开发行了。”
袁并有密谕给各省的文武长官，全文如下：
“立国今日，非自强无以图存，而强弱之分，悉由人事！日本前在闭关时代，其学术政治与中国无殊，自明治维新以来，上下一心，步武西法，乘时而动，发愤为雄，四十余年所惨澹经营者，无非求达其东亚大帝国之政略。当合併朝鲜之时，现在首相大隈重信已自命为中国将来之统监。盖其兼营并进之图，远交近攻之策，处心积虑，殊非一朝。究其致强之由，则以国民教育为根本，而明耻教战，即寓于教育之中。故人人以当兵为义务，以战死为殊荣。就其近年军事言之，徵发陆军，可达百万，海军战舰，已逾六十万吨，席其方张之势，日思拓地殖民，彼为刀俎，我为鱼肉，实逼处此，岌岌可危，厝火积薪，早成险象。前清末造，政失其纲，泄杳成风，人无远虑，加以亲贵用事，贿赂公行，各私其家，何知卫国？迨至武昌事起，举朝失措，列强响应，瓦解土崩。日本浪人，利用此机，秘计阴谋，无所不至；我人民之生命财产，间接直接而受损失者，不可胜计。苍赤何辜，言之流涕！幸而天佑中国，祸乱削平，予得以衰病余生，底定全局，殊出强邻意料之外。回忆当日，万险环生，至今心悸。国事粗定，欧战发生，关系于均势得甚大。日本利欧洲列强之相持，乘中国新邦之初建，不顾公法，破坏我山东之中立，军队所至，四境骚然；官吏见侮之横，居民被祸之惨，笔不能罄，耳不忍闻，我国受兹痛苦，方以退兵为抗议，彼不之省，又提出酷烈要求之条款，其中最为难堪者，曰切实保全中国领土，曰各项要政聘用日人为有力顾问，曰必要地方合办警察，日军械定数向日本採买，併合办械厂，用其工料。此四者直以亡韩视我！如允其一，国即不国，牛马奴隶，万劫不复。予见此四条，曾向在京文武重要各员，誓以予一息尚存，决不承诺，即不幸交涉决裂，予但有一枪一弹，亦断无听从之理。具此决心，饬外交部人员坚持磋商，此外凡损失利权较重者，均须逐字斟酌，竭力挽回。乃日人利用我国乱党，各处滋扰，而又散布谣言，鼓惑各国，分遣大枝陆军，直趋奉天之渖阳，山东之济南，海军亦时在渤海出没游弋。因之举国惶恐，全球震动，不知其用意之所在。予以保全国家为责任，对外则力持定见，终始不移；对内则抚辑人民，勿令自扰，将及四月，持之益坚，彼逐以最后通牒迫我承认。然卒将最烈四端，或全行消灭，或脱离此案，其他较重之损失，亦因再三讨论，得以减免，而统计已经损失权利颇多！疾首痛心，愤惭交集。往者已矣，来日方长。日本既有极大政略，谋定已久，此后但本进行，断无中止。兼弱攻昧，古有明训，我岂可以弱昧自居，甘为亡韩之续？处此竞争世界，公理强权，势相对峙，人有强权之可逞，我无公理之可言，长此终古，何以为国？经此次交涉解决之后，凡百职司，痛定思痛，应如何刿鉥心神，力图振作？傥仍复悠忽，事过辄忘，恐大祸转瞬即至，天幸未可屡邀，神州陆沉，不知死所。予老矣！救国捨身，天哀其志，或者稍缓须臾，不至亲见灭亡，顾此林林之众，齿少于予者，决不能免，而子孙更无论矣！予为此奇痛之言者，万不愿予言之竟中，诚以存亡呼吸，断非予一手足之力，所可转旋，持危扶颠，端资群策。我国官吏，积习太深，不肖者竟敢假公济私，庸谨者亦多玩物丧志，敌国外患，漠不动心，文恬武嬉，几成风气，因循敷衍，病在不仁；发墨鍼肓，期有起色。所望凡百职司，日以亡国灭种四字悬诸心目，激发天良，屏除私见，各习职守，协力程功。同官为僚，交相勖勉，苟利于国，生死以之。其有亲民之责者，尤当随时设法劝导人民，使蚩蚩者氓，咸晓然于各国之大势，国民之义务。但能治人者事事以循名责实为归，受治者人人以视国如家为志。能由此道，则中国可强，我人民及身与子孙可免亡国之痛，此则予所独居深念，寝馈不忘者！但坚忍始可图成，虚憍足以害事。京外各官，当规劝僚属，申儆人民，忍辱负重，求其在己，切勿妄逞意气，空言谩骂，非徒无益，反自招损。务各善体此意，努力为之。今之言革命者，动称排满，试思满洲以一二百万人入主中国，国祚尚近三百年，我汉族以四万万人如不能久主其国，人必视我汉族为天生受役之性质，无人类自立之资格，讵非奇耻！我汉族皆神明之胄裔，诘以斯言，能甘心忍受否？其亡其亡，繫于苞桑，惟知亡，庶可不亡。凡百职司，其密志之！此谕。”
日政府与袁谈廿一条时，国民党有两种不同的意见，一部分主张暂时停止反袁，俾袁可以专心对日，黄兴、李烈钧、柏文蔚、陈炯明、钮永建等联衔发表通电，表示在袁和日本交涉期间不予干扰。而欧事研究会的林虎、熊克武、李根源等亦发表通电，附和黄等主张，电云：“吾人第一主见乃先国家而后政治，先政治而后党派，国苟不存，政于何有？政苟有成，何分于党。故吾人之对政府有恶于其人，而有不足于其政，虽欲大革其政而不敢有违于国也。”这种缓进的主张，孙中山是反对的。林森曾致电孙中山，请示对日意见，可否暂停国内革命运动，实行一致御侮，免为国人藉口。孙中山复电说：